乔纳森可以指挥的曲目涵盖从巴洛克时期的作品到当代的交响乐和歌剧剧目，并因音乐会曲目的安排而闻名，这些曲目因其强大的内在戏剧性线索而将听众带入了迷人的音乐之旅。
在他的早期职业生涯中，乔纳森于1991年至1993年在巴黎歌剧院担任音乐总监郑明勋的副手，指挥《费加罗的婚礼》、《大地之歌》和《魔笛》。他还领导了法国实验歌剧团体ARCAL，指挥了一系列令人难以置信的前卫作品，如《旋螺丝》、《奥明多》、《奥兰多》、《可怜的水手》、《女人皆如此》。这一年，他与世界上最负盛名的歌剧院和乐团合作，如巴黎歌剧院、巴黎管弦乐团、BBC交响乐团、瑞士罗曼德管弦乐团、德累斯顿国家管弦乐团、维也纳爱乐乐团、澳大利亚歌剧院、瑞典皇家歌剧院、英国国家歌剧院、汉堡国家歌剧院、柏林音乐厅、法兰克福歌剧院、那不勒斯圣卡洛剧院、法国国家管弦乐团、华沙爱乐乐团，探索了大量广泛的剧目。
2014年，他首次在维也纳国家歌剧院指挥了歌剧《蝴蝶夫人》，此后的每一年他都会再次回到歌剧院指挥（蝴蝶夫人、奥赛罗、唐·卡洛斯、爱之甘醇）。近期，他在温哥华歌剧院指挥了《爱之甘醇》、《奥赛罗》、《死囚漫步》、《叶甫盖尼·奥涅金》、《浮士德》；在德累斯顿申培尔歌剧院指挥了《叶甫盖尼·奥涅金》、《费德里奥》、《魔笛》、《唐璜》、《塞维利亚的理发师》，以及奥芬巴赫创作的《格罗尔斯坦大公爵夫人》；在瑞典皇家歌剧院指挥了《耶奴发》、《艺术家生涯》和《费加罗的婚礼》；在汉堡国家歌剧院指挥了《蝙蝠》；法兰克福歌剧院《法斯塔夫》、《马克罗普洛斯事件》和《凡妮莎》。
2002年-2011年，作为杜伊斯堡爱乐乐团的音乐总监，乔纳森为乐团在拓展交响乐曲目方面做出了很大的贡献，他在音乐会曲目编排上的质量和创造力使他获得了享有声望的“Köhler- Osbar Stiftung”和“德国音乐协会”的两项荣誉。
乔纳森·达灵顿录制的唱片曲目包括肖斯塔科维奇《第15交响曲》，马勒《第5&6交响曲》、安德烈·若利韦《钢琴协奏曲》、施特劳斯《堂·吉诃德》和普朗克《模范动物》。和苏珊娜·洋子·汉高合作的柴可夫斯基《小提琴协奏曲》，为他赢得了“回声机古典音乐奖”。
2015/16乐季他成功完成和巴黎交响乐团的首次合作，随后马上获得了未来再次指挥的邀请，此次演出也同时在Mezzo TV上进行了网络现场直播。2017年夏天，他受邀参与加拿大国家青年管弦乐团的巡演，此次巡演涵盖了加拿大的12座城市，并同时在蒙特利尔、多伦多和温哥华进行了网络直播。2018年的夏天，他再次指挥乐团进行了巡演。此次巡演包括了在德国柏林音乐厅和英国爱丁堡艺术节的演出。
新乐季的亮点包括，回归纽伦堡交响乐团，在汉堡国家歌剧院演绎全新版本的《蝙蝠》、在法兰克福歌剧院演绎新版本的亨茨的《冯·洪堡王子》，回到巴黎歌剧院演绎向Mats Ek致敬的作品，回到德累斯顿申培尔歌剧院指挥演绎《艺术家生涯》和《唐璜》，以及在莱比锡歌剧院指挥全新制作的《唐璜》。
他是英国皇家音乐学院的成员，同时是艺术与文学骑士勋章的拥有者。
